一、什么是sdf文件

Structure Data File，缩写为sdf，是化学领域中一种常用的分子结构数据存储格式。它可以分别存储大分子、小分子以及其它化学实体的结构。

SDF文件格式采用键值对的结构进行数据存储，其中键为属性名称，值为属性值。这种格式的设计使得SDF文件可以非常容易地与计算机程序进行交互，例如，将SDF文件导入到化学绘图软件或分子识别工具中。

二、sdf文件的存储格式

SDF文件以ASCII码文本的形式进行存储，每个分子或化学实体占据一个段落，以字符串“$$$$”作为段落的结束标识。

每行包含一个键值对，键和值之间用空格分隔，键-值对组成一个“数据项”，多个数据项组成一个分子或化学实体的属性描述。在每个段落结束前，可以插入一个额外的数据项，用于描述整个分子或化学实体的属性。

三、sdf文件的特点

1、支持大量的元素属性描述

ATOMS                - Atom block 
    Atom#   String(5)         : Atoms (abbreviation)
    x       Real(10.5)        : X (Angstroms)
    y       Real(10.5)        : Y (Angstroms)
    z       Real(10.5)        : Z (Angstroms)
    Orbital String(4)         : Hybridisation/Orbital
    Bonds   String(3)         : Bonds to previous atom and 
                                 other properties     

2、可以用于描述大分子以及小分子

SDF文件格式可以存储多个分子，因此可以用于描述大分子或小分子等多种化学实体。

3、易于对接计算机程序

由于SDF文件采用了键值对的结构，非常容易与计算机程序交互。开发人员可以利用SDF文件来进行化学计算、虚拟筛选等操作。

四、sdf文件的应用场景

1、化学实体结构存储

SDF文件被广泛应用于化学实体结构的存储和共享。化学实体的结构描述信息可以保存在一个SDF文件中，进而被传递给他人进一步处理。

2、计算机辅助药物设计

使用SDF文件进行化学分子的计算机辅助设计非常方便。特别是对于高通量药物筛选等领域，SDF文件能够提供高效的化学描述信息。

3、虚拟筛选工具开发

由于SDF文件具有易于对接计算机程序的特点，因此可以用于虚拟筛选工具的开发。开发者可以利用SDF文件来进行化合物的描述，从而完成药物的筛选和挑选工作。

五、sdf文件示例代码

BEGIN_ISO
     0  0  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000
     10.0000  10.0000  0.0000 O  0  0
     20.0000  10.0000  0.0000 C  0  0
     20.0000  20.0000  0.0000 N  0  0
     10.0000  20.0000  0.0000 C  0  0
     10.0000  10.0000 -1.0000 H  0  0
     20.0000  10.0000 -1.0000 H  0  0
     20.0000  20.0000 -1.0000 H  0  0
     10.0000  20.0000 -1.0000 H  0  0
  1  2  1  0
  2  3  1  0
  3  4  1  0
  4  1  1  0
  1  5  1  0
  2  6  1  0
  3  7  1  0
  4  8  1  0
M  END