功能：

用于有参考基因组存在的比对工具（适用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data）

用法：

hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base>

hisat2 [options]* -x <hisat2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | –sra-acc <SRA accession number>} [-S <hit>]

索引：

 -x <hisat2-idx>：参考基因组的index的basename。

比对的数据：

-1 <m1>：针对paired 测序，例子：-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq

-2 <m2>：针对paired 测序，例子：-1 flyA_2.fq,flyB_2.fq

-U <r>：针对unpaired测序

 –sra-acc <SRA accession number>：针对SRA数据库的数据。例子：–sra-acc SRR353653,SRR353654

输出：

-S <hit>：输出文件名。（sam文件）

[options]:

–dta-cufflinks:出来的结果更适合cufflinks处理。

拒绝低效率勤奋，保持高效思考