这篇文章主要介绍如何使用fastp软件对fastq文件进行剪切,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!
使用fastp软件对fastq文件进行剪切
fastp是一款较新的数据质控软件,可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。
其命令如下:
fastp –in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz –out1 Tres_2_1.clean.fq.gz –in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz –out2 Tres_2_2.clean.fq.gz –trim_front1 15 –trim_front2 15 –correction –thread 8
参数:
–in1 read1输入文件
–out1 read1剪切后输出文件
–in2 read2输入文件
–out2 read2剪切后输出文件
–trim_front1 对read1的头部剪切
–trim_front2 对read2的头部剪切
–trim_tail1 对read1的尾部剪切
–trim_tail2 对read2的尾部剪切
–thread 设置线程数