这篇文章主要介绍了怎么用limma包进行芯片数据差异分析的相关知识，内容详细易懂，操作简单快捷，具有一定借鉴价值，相信大家阅读完这篇怎么用limma包进行芯片数据差异分析文章都会有所收获，下面我们一起来看看吧。

利用limma 包进行芯片数据差异分析，需要按照分组信息构建分组矩阵，基于model.matrix函数完成，获得的分组矩阵结构类似下方显示结果：

> design
           A B
GSM1626001 1 0
GSM1626002 1 0
GSM1626003 1 0
GSM1626010 0 1
GSM1626011 0 1
GSM1626012 0 1
attr(,"assign")
[1] 1 1
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$`description`
[1] "contr.treatment"

其0 1表示有无，可以理解为A组存在GSM1626001 GSM1626002 GSM1626003 三个样品，B组理解依然，整个矩阵描述了将要比较的两组样品情况，之后利用makeContrasts构建差异对比矩阵 以便继续进行后续分析

      Contrasts
Levels B - A
     A    -1
     B     1

表示开始进行B相对于A组的差异表达分析