1、发票样式不同。专用发票抬头写的是增值税专用发票，而普通发票抬头注明是普通发票；

2、开具方法不同。专用发票必须通过金税系统开具，而普通发票有通过金税系统开具的普通发票，也有手工开具的普通发票；

3、开票主体不同。专用发票只有一般纳税人开具。小规模纳税人发生销售业务，自己只能开具普通发票，如果需要专用发票，必须到税务局代开，且税率仍为小规模企业的3%；

4、取得主体不同。一般纳税人采购货物时，需要增值税专用发票，进项税额可以抵扣。而小规模纳税人及个人消费者等采购货物，即使取得专用发票，也无法抵扣进项税额。按税法规定，给后者开具发票不开专用发票。